Zusammenfassung
In letzter Zeit ist man zunehmend an der Simulation komplexer biologischer Prozesse, z.B. von Vorgängen im Nervensystem, beim Stoffwechsel oder bezüglich der DNS-Synthese, interessiert. Die Komplexität der für diese Anwendungsfelder benötigten Algorithmen und Datenstrukturen führt auf Einprozessorsystemen i.a. zu sehr langen Ausführungszeiten. Hier treffen sich Performance-Anforderungen mit Rechnerarchitektur-Ansätzen, solche Leistungskriterien durch Organisation von Parallelarbeit sowie weitere hardwaremäßige Integration ’intelligenter’ Verarbeitungseigenschaften in die lokalen Rechenelemente zu erfüllen. Dabei erscheinen folgende grundlegende Hardwarearchitektur-Eigenschaften bedeutsam: ● massiver Parallelismus von Rechenelementen;
-
selektiv einstellbare Aktivitätsmuster auf Arrays solcher Rechenelemente;
-
Rückkopplungsmöglichkeiten auf Hardwareebene zur direkten Implementierung adaptiven Verhaltens;
-
Vermeidung unnötiger Datentransporte zwischen Prozessor und Speicher.
This is a preview of subscription content, log in via an institution.
Buying options
Tax calculation will be finalised at checkout
Purchases are for personal use only
Learn about institutional subscriptionsPreview
Unable to display preview. Download preview PDF.
Literatur
Connection Machine User’s Guide Thinking Machines Corporation 1990
G.H. Gaston, M. Cohen, S.A. Benner Exhaustive matching of the entire protein sequence data base Science, Juli 1992, S. 1443–45
K.-E. Großpietsch Assoziative Systeme zur Emulation biologischer Informationssysteme Proc. Symposium ’Informationsbildung in Biosystemen’, Bonn 1991, S. 105–120
K.-E. Großpietsch Intelligent processing by means of associative systems in: B. Soucek (Ed.), Fast, invariant,parallel, and dynamic intelligence to appear at John Wiley and Sons, 1992
X. Huang, W. Miller, S. Schwartz, R.C. Hardison Parallelization of a local similarity algorithm Computer Applications in the Biosciences, Februar 1992, S. 135–165
M. Kohn, U. Schäfer Entwurf und Simulation eines assoziativen Prozessorsystems Diplomarbeit, Universität Bonn 1991
E.S. Lander, R. Langridge, D.M. Saccocio Computing in molecular biology: Mapping and interpreting biological information Computer, November 1991, S. 6–13
D.J. Lipman, W.R. Pearson Rapid and sensitive protein similarity searches Science, Vol. 227, März 1985, S. 1435–1441
R.J. Lipton, D. Lopresti A systolic array for rapid string comparison Proc. 1985 Chapel Hill Conference on VLSI, S. 363–376
R.J. Lipton, T.G. Marr, J.D. Welsh Computational approaches to discovering semantics in molecular biology Proc. IEEE, Vol. 77, Juli 1989, S. 1056–1060
R. Reetz Parallele Algorithmen und Anwendungen für das assoziative Prozessorsystem CAPRA GMD-Studien Nr. 207 Gesellschaft für Mathematik und Datenverarbeitung, St. Augustin 1992
C. Sander, R. Schneider, P. Stouten The human genome and high performance computing in molecular biology in: Supercomputmg 92, Lecture Notes in Computer Science, Springer-Verlag Heidelberg Berlin New York 1992
H. Yamada et al. A high-speed string-search engine IEEE J. Solid-State Circuits, Vol. 22, Oktober 1987, S. 829–834
Author information
Authors and Affiliations
Editor information
Editors and Affiliations
Rights and permissions
Copyright information
© 1993 Springer-Verlag Berlin Heidelberg
About this paper
Cite this paper
Großpietsch, K.E. (1993). Ein assoziatives System zur Unterstützung der DNS-Sequenzanalyse. In: Hofestädt, R., Krückeberg, F., Lengauer, T. (eds) Informatik in den Biowissenschaften. Informatik aktuell. Springer, Berlin, Heidelberg. https://doi.org/10.1007/978-3-642-78072-1_9
Download citation
DOI: https://doi.org/10.1007/978-3-642-78072-1_9
Publisher Name: Springer, Berlin, Heidelberg
Print ISBN: 978-3-540-56456-0
Online ISBN: 978-3-642-78072-1
eBook Packages: Springer Book Archive