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Das Sombi-Framework zum Ermitteln geeigneter Suchfunktionen für biologische Modelldatenbasen

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Datenbank-Spektrum Aims and scope Submit manuscript

Zusammenfassung

Die Wiederverwendung von Simulationsmodellen biologischer Systeme ist mit der ansteigenden Zahl der in Modelldatenbanken gespeicherten Modelle zu einem wichtigen Forschungsproblem geworden. Ein Teilproblem ist die effiziente Suche nach relevanten Modellen in einer Datenbasis. Als Lösungsansatz wurde kürzlich die Nutzung von Information-Retrieval-Techniken für das bewertete Finden von Modellen vorgestellt.

Die im Folgenden beschriebene Software stellt Anwendungsentwicklern ein Framework zur Evaluation verschiedener Retrieval- und Rankingfunktionen unter Nutzung unterschiedlicher Datenbasen zur Verfügung. Der modulare Aufbau des Frameworks ermöglicht die Unterstützung weiterer XML-basierter Beschreibungsformate sowie das Einbinden zusätzlicher Funktionen. Voraussetzungen für die Verwendung des Frameworks sind die Kodierung der Simulationsmodelle in einem XML-basierten Standard-Repräsentationsformat sowie die Verfügbarkeit von semantischen Modellinformationen, z.B. in Form von in Ontologien kodierten Meta-Informationen. Sombi wurde als Evaluationswerkzeug für Datenbankentwickler im Bereich der Modellspeicherung in der Systembiologie entwickelt. Eine Verwendung des Frameworks auf anderen Anwendungsgebieten ist jedoch vorstellbar.

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Listing 1
Abb. 1
Abb. 2
Abb. 3
Abb. 4
Abb. 5

Notes

  1. http://www.ebi.ac.uk/biomodels/.

  2. Information vom 05.01.2011.

  3. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/.

  4. http://www.ebi.ac.uk/biomodels-demo/.

  5. siehe http://sombi.sourceforge.net/.

  6. hier verkürzt dargestellt.

  7. http://www.liferay.com/.

  8. http://sombi.sourceforge.net/.

  9. Wir verweisen dazu auf unsere Arbeiten an einer SBML annotation Erweiterung [21].

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Danksagung

Wir danken Josephine Freyman, Hannes Grunert, Daniel Lehmann, Hans-Christian Rieger, Muhammad Bin Abdus Salam, Andreas Schult, Norman Soetbeer, Jan Stöwesand, Martin Winkler und Tobias Wunderlich für die Unterstützung bei der Implementierung des Frameworks. Weiterhin danken wir Robert Hälke für die Entwicklung des tinyParser und Martin Weitzel für die Konzeption des Frontends.

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Authors and Affiliations

  1. Datenbank- und Informationssysteme, Institut für Informatik, Universität Rostock, Albert-Einstein-Str. 21, 18059, Rostock, Deutschland

    Dagmar Waltemath, Ron Henkel, Holger Meyer & Andreas Heuer

Authors
  1. Dagmar Waltemath
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  2. Ron Henkel
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  3. Holger Meyer
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  4. Andreas Heuer
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Corresponding author

Correspondence to Dagmar Waltemath.

Additional information

Die Arbeit wurde teilweise gefördert durch die Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG), GRK dIEM oSiRiS 1387/1.

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Waltemath, D., Henkel, R., Meyer, H. et al. Das Sombi-Framework zum Ermitteln geeigneter Suchfunktionen für biologische Modelldatenbasen. Datenbank Spektrum 11, 27–36 (2011). https://doi.org/10.1007/s13222-011-0050-x

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